シングルセルトランスクリプトミクス解析
Single-cell Transcriptomics
10x Genomics等プラットフォームのシングルセルトランスクリプトームデータに対し、生データから生物学洞察までの完全な解析パイプラインを構築。品質管理、バッチ補正、次元削減、細胞型注釈、発現差異、擬時系列軌道推論、細胞間通信解析を含む。
適用シナリオ
- 腫瘍微小環境細胞アトラス構築
- 免疫細胞発育・分化研究
- 薬物応答細胞サブ集団同定
- 臓器発育・再生医学
データ入力
- 10x Genomics scRNA-seq Fastq データ
- サンプルグループ情報（処理/対照、時系列等）
- 既知マーカー遺伝子リスト（オプション）
出力
- UMAP / t-SNE 次元削減可視化
- 細胞サブ集団注釈と割合統計
- マーカー遺伝子発現ヒートマップ・バイオリンプロット
- 擬時系列軌道と分岐確率
- 細胞通信ネットワーク（リガンド・受容体ペア）
解析フロー
01
Cell Ranger
アライメント、定量、feature-barcodeマトリックス生成
02
QC & Filtering
二重細胞除去、ミトコンドリア割合フィルタリング、遺伝子数フィルタリング
03
Normalization
LogNorm / SCTransform 正規化
04
Integration
Harmony / Seurat CCA バッチ補正
05
Clustering
PCA → UMAP / t-SNE → Louvain/Leiden クラスタリング
06
Annotation
自動注釈＋手動マーカー遺伝子検証
07
Downstream
発現差異、軌道推論、細胞通信、可視化
関連ケース
学術解析ケース
シングルセルトランスクリプトミクス解析
scRNA-seqとscATAC-seqマルチオミクス統合解析パイプラインを構築し、大規模免疫細胞データを処理。制御ネットワークを構築し、主要細胞サブ集団と制御メカニズムを同定。
成果物
- シングルセル統合解析 Pipeline
- 細胞サブ集団注釈・マーカー
- 制御ネットワークモデル
- 可視化レポート