Tumor-Neoantigen-Vorhersage & Immuntherapie-Bewertung
Tumor Neoantigen Prediction
Integration von Whole-Exome- und Transkriptom-Sequenzierungsdaten durch automatisierte Pipelines für somatische Mutationsdetektion, HLA-Typisierung, MHC-Affinitätsvorhersage und Immunogenitätsbewertung. Ausgabe hochkonfidenter Kandidaten-Neoantigen-Rankings zur Unterstützung früher F&E-Entscheidungen für Tumorimpfstoffe und Zelltherapien.
Anwendungsszenarien
- Personalisiertes Tumorimpfstoff-Design
- TCR-T / CAR-T Ziel-Screening
- Immun-Checkpoint-Inhibitor-Kombinationsstrategien
- Neoadjuvante Therapie-Reaktionsvorhersage
Dateneingaben
- WES Rohdaten (Tumor + passendes Normalkontrollsample)
- RNA-seq Expressionsdaten
- HLA-Typisierungsergebnisse (oder aus WES abgeleitet)
- Klinische Pathologieinformationen (optional)
Ausgaben
- Kandidaten-Neoantigen-Ranking (mit MHC-Affinität, Mutationsaminosäureposition, Expressionslevel)
- Immunogenitätsscore und Konfidenzgraduierung
- HLA-restringierte Subset-Analyse
- Standardisierter PDF/HTML-Bericht
Analyse-Workflow
Raw Data QC
Fastq-QC, Adapter-Trimming, Qualitätsfilterung
Alignment
BWA / STAR Alignment zum Referenzgenom
Variant Calling
Mutect2 / Strelka2 somatische Mutationsdetektion
HLA Typing
OptiType / HLA-HD hochauflösende Typisierung
MHC Prediction
NetMHCpan / MHCflurry Affinitätsvorhersage
Immunogenicity
Immunogenitäts-Scoring, Selbstantigen-Filterung, Klonalitätsbewertung
Ranking & Report
Multidimensionales gewichtetes Ranking, standardisierte Berichtsausgabe
Verwandte Fälle
Tumor-Neoantigen-Vorhersage & Ranking
Aufbau einer automatisierten WES/RNA-seq-Analysepipeline für Tumor-Neoantigene mit Integration von HLA-Typisierung, MHC-Vorhersage, Immunogenitätsbewertung und Kandidaten-Peptid-Ranking, verbunden mit mRNA-Design, IVT, LNP-Encapsulation und Qualitätsvalidierung.
Liefergegenstände
- Automatisierte Analyse-Pipeline
- Kandidaten-Neoantigen-Ranking
- mRNA-Sequenzdesign-Plan
- LNP-Präparations- & QC-Dokumentation
- Standardisierter Lieferbericht