Proteomik-Analyse
Proteomics
Für DIA (Data-Independent Acquisition) und DDA (Data-Dependent Acquisition) Massenspektrometriedaten Bereitstellung eines vollständigen Workflows von Proteinidentifikation und -quantifizierung bis zur differentiellen Expressionsanalyse und Post-Translationale Modifikation (PTM)-Analyse zur Unterstützung von Biomarker-Entdeckung und Arzneimittelziel-Forschung.
Anwendungsszenarien
- Krankheitsbiomarker-Entdeckung
- Arzneimittelwirkungsmechanismus-Forschung
- Signalpfad-Störungsanalyse
- Post-translationale Modifikationsregulationsforschung
Dateneingaben
- DIA/DDA Massenspektrometrie-Rohdaten (raw / mzML)
- Experimentdesign-Gruppierungsinformationen
- FASTA-Datenbank (Zielspezies)
Ausgaben
- Proteinidentifikations- und -quantifizierungsmatrix
- Differentielle Expressionsprotein-Vulkanplot und -Heatmap
- GO/KEGG Funktionsanreicherung
- Protein-Protein-Interaktion (PPI)-Netzwerk
- PTM-Stellenidentifikation und -differentielle Analyse
Analyse-Workflow
01
Database Search
MaxQuant / DIA-NN / Proteome Discoverer Datenbanksuche
02
Quantification
LFQ / TMT / DIA-NN Quantifizierung
03
QC
PCA, Korrelations-Heatmap, Missing-Value-Bewertung
04
DE Analysis
limma / Perseus / DEP differentielle Analyse
05
Functional
GO/KEGG, GSEA, PPI (STRING/Cytoscape)
06
PTM
Phosphorylierung / Acetylierung / Ubiquitinierung Stellenidentifikation und -differentielle Analyse