腫瘍新規抗原予測・免疫治療評価
Tumor Neoantigen Prediction
全エクソン・トランスクリプトームシーケンスデータを統合し、自動化パイプラインで体細胞変異検出、HLAタイピング、MHC親和性予測、免疫原性評価を実施。高信頼度候補新規抗原ランキングを出力し、腫瘍ワクチン・細胞治療の早期R&D意思決定をサポート。
適用シナリオ
- パーソナライズド腫瘍ワクチン設計
- TCR-T / CAR-T ターゲットスクリーニング
- 免疫チェックポイント阻害剤併用戦略
- 術前補助治療応答予測
データ入力
- WES 生データ（腫瘍＋対照正常サンプル）
- RNA-seq 発現データ
- HLA タイピング結果（またはWESから推定）
- 臨床病理情報（オプション）
出力
- 候補新規抗原ランキング（MHC親和性、変異アミノ酸位置、発現量含む）
- 免疫原性スコアと信頼度グレーディング
- HLA制限性サブセット解析
- 標準化PDF/HTMLレポート
解析フロー
01
Raw Data QC
Fastq QC、アダプター除去、品質フィルタリング
02
Alignment
BWA / STAR リファレンスゲノムアライメント
03
Variant Calling
Mutect2 / Strelka2 体細胞変異検出
04
HLA Typing
OptiType / HLA-HD 高解像度タイピング
05
MHC Prediction
NetMHCpan / MHCflurry 親和性予測
06
Immunogenicity
免疫原性スコアリング、自己抗原フィルタリング、クローン性評価
07
Ranking & Report
多次元加重ランキング、標準化レポート出力
関連ケース
創薬研究ケース
腫瘍新規抗原予測と候補ソート
腫瘍新規抗原シナリオ向けにWES/RNA-seq自動化解析パイプラインを構築し、HLAタイピング、MHC予測、免疫原性評価、候補ペプチドランキングを統合。mRNA設計、IVT、LNP包封、品質検証と接続。
成果物
- 自動化解析 Pipeline
- 候補新規抗原ランキング表
- mRNA 配列設計案
- LNP 調製・QC記録
- 標準化納品レポート