プロテオミクス解析
Proteomics
DIA（データ非依存取得）・DDA（データ依存取得）質量分析データに対し、タンパク質同定・定量から発現差異解析、翻訳後修飾（PTM）解析までの完全なワークフローを提供。バイオマーカー発見・薬物ターゲット研究を支援。
適用シナリオ
- 疾患バイオマーカー発見
- 薬物作用機序研究
- シグナル経路摂動解析
- 翻訳後修飾制御研究
データ入力
- DIA/DDA 質量分析生データ（raw / mzML）
- 実験設計グループ情報
- FASTA データベース（対象種）
出力
- タンパク質同定・定量マトリックス
- 差異発現タンパク質火山プロット・ヒートマップ
- GO/KEGG 機能富化
- タンパク質-タンパク質相互作用（PPI）ネットワーク
- PTM 部位同定・差異解析
解析フロー
01
Database Search
MaxQuant / DIA-NN / Proteome Discoverer データベース検索
02
Quantification
LFQ / TMT / DIA-NN 定量
03
QC
PCA、相関ヒートマップ、欠損値評価
04
DE Analysis
limma / Perseus / DEP 差異解析
05
Functional
GO/KEGG、GSEA、PPI（STRING/Cytoscape）
06
PTM
リン酸化・アセチル化・ユビキチン化部位同定・差異解析