단일세포 전사체 분석
Single-cell Transcriptomics
10x Genomics 등 플랫폼의 단일세포 전사체 데이터에 대해 원시 데이터에서 생물학적 통찰까지의 완전한 분석 파이프라인을 구축합니다. 품질 관리, 배치 보정, 차원 축소, 세포 유형 주석, 차등 발현, 의사시간 궤적 추론, 세포 간 통신 분석을 포함합니다.
적용 시나리오
- 종양 미세환경 세포 아틀라스 구축
- 면역 세포 발달·분화 연구
- 약물 반응 세포 하위 집단 식별
- 장기 발달·재생의학
데이터 입력
- 10x Genomics scRNA-seq Fastq 데이터
- 샘플 그룹 정보(처리/대조, 시계열 등)
- 알려진 마커 유전자 목록(선택)
출력
- UMAP / t-SNE 차원 축소 시각화
- 세포 하위 집단 주석 및 비율 통계
- 마커 유전자 발현 히트맵·바이올린 플롯
- 의사시간 궤적 및 분기 확률
- 세포 통신 네트워크(리간드-수용체 쌍)
분석 워크플로
01
Cell Ranger
얼라인먼트, 정량화, feature-barcode 매트릭스 생성
02
QC & Filtering
이중 세포 제거, 미토콘드리아 비율 필터링, 유전자 수 필터링
03
Normalization
LogNorm / SCTransform 정규화
04
Integration
Harmony / Seurat CCA 배치 보정
05
Clustering
PCA → UMAP / t-SNE → Louvain/Leiden 클러스터링
06
Annotation
자동 주석+수동 마커 유전자 검증
07
Downstream
차등 발현, 궤적 추론, 세포 통신, 시각화
관련 사례
학술 분석 사례
단일세포 전사체 분석
scRNA-seq와 scATAC-seq 멀티오믹스 통합 분석 파이프라인을 구축하여 대규모 면역 세포 데이터를 처리하고, 조절 네트워크를 구축하며 핵심 세포 하위 집단과 조절 메커니즘을 식별합니다.
인도물
- 단일세포 통합 분석 Pipeline
- 세포 하위 집단 주석·마커
- 조절 네트워크 모델
- 시각화 보고서