单细胞转录组分析
Single-cell Transcriptomics
针对 10x Genomics 等平台产生的单细胞转录组数据，构建从原始数据到生物学洞察的完整分析流程，包括质量控制、批次校正、降维聚类、细胞类型注释、差异表达、拟时序轨迹推断和细胞间通讯分析。
适用场景
- 肿瘤微环境细胞图谱构建
- 免疫细胞发育与分化研究
- 药物响应细胞亚群识别
- 器官发育与再生医学
数据输入
- 10x Genomics scRNA-seq Fastq 数据
- 样本分组信息（处理/对照、时间序列等）
- 已知 marker 基因列表（可选）
交付输出
- UMAP / t-SNE 降维可视化
- 细胞亚群注释与比例统计
- Marker 基因表达热图与 violin 图
- 拟时序轨迹与分支概率
- 细胞通讯网络（配体-受体对）
分析流程
01
Cell Ranger
比对、定量、生成 feature-barcode 矩阵
02
QC & Filtering
双细胞去除、线粒体比例过滤、基因数过滤
03
Normalization
LogNorm / SCTransform 归一化
04
Integration
Harmony / Seurat CCA 批次校正
05
Clustering
PCA → UMAP / t-SNE → Louvain/Leiden 聚类
06
Annotation
自动注释 + 人工校验 marker 基因
07
Downstream
差异表达、轨迹推断、细胞通讯、可视化
相关案例
学术分析案例
单细胞转录组分析
搭建 scRNA-seq 与 scATAC-seq 多组学整合分析流程，处理大规模免疫细胞数据，构建调控网络并识别关键细胞亚群和调控机制。
交付物
- 单细胞整合分析 Pipeline
- 细胞亚群注释与标志物
- 调控网络模型
- 可视化报告